Giải thưởng được thành lập năm 2010 dành tặng cho các công trình, nhóm công trình khoa học xuất sắc có giá trị khoa học và thực tiễn mang tính ứng dụng cao, có đóng góp nổi bật vào sự nghiệp phát triển đất nước.

Giải thưởng góp phần quảng bá và phổ biến các công trình khoa học và khuyến khích việc ứng dụng kết quả nghiên cứu vào thực tiễn phát triển kinh tế xã hội, văn hóa, phù hợp với thực tiễn Việt Nam, có thể áp dụng rộng rãi, đem lại giá trị kinh tế, văn hóa xã hội đồng thời đơn giản trong sử dụng và dễ dàng triển khai.

Năm 2012, Ban Tổ chức sẽ xét trao giải cho các công trình nghiên cứu khoa học tại 5 lĩnh vực: Giáo dục, xóa đói giảm nghèo, phát triển kinh tế bền vững, y dược học và văn học nghệ thuật. Mỗi lĩnh vực sẽ xét trao giải cho một công trình nghiên cứu xuất sắc nhất với mức giải thưởng là 30.000USD kèm theo cúp và Bằng chứng nhận Giải thưởng.

Đối tượng tham gia xét Giải thưởng Bảo Sơn là mọi cá nhân hoặc nhóm cá nhân là người Việt Nam ở trong và ngoài nước, không phân biệt tuổi tác, ngành nghề, tôn giáo, giới tính có các công trình khoa học, công nghệ phù hợp với các tiêu chí của giải thưởng.

Năm 2011, Giải thưởng Bảo Sơn đầu tiên đã được trao cho dự án "Điều tra, đánh giá thống kê quy hoạch các khu bảo tồn vùng đất ngập nước có ý nghĩa quốc tế, quốc gia" của nhóm tác giả Đại học Quốc gia Hà Nội. Đây là đề tài có tính độc đáo, lần đầu tiên xây dựng được bộ tiêu chí đầy đủ của quốc gia để đánh giá các vùng đất ngập nước, hệ thống phân loại đất ngập nước Việt Nam thay vì sử dụng các công cụ này của các tổ chức quốc tế hay quốc gia khác.

Từ 8/2012-15/10, Ban Tổ chức sẽ nhận hồ sơ đăng ký xét giải và dự kiến vào tháng 2/2013 sẽ trao giải.